新疆醫科大學中醫學院前身為新疆中醫學院，1998年6月新疆中醫學院與新疆醫學院合并成立了新疆醫科大學學院，并改組為新疆醫科大學中醫學院。2000年申報成功中醫方劑學、中醫內科學、中西醫結合臨床、針灸推拿等四個碩士研究生學位授予點；2003年申報成功中醫外科學碩士研究生學位授予點；2005年又申報成功了中藥學的碩士研究生學位授予點。現有六個碩士研究生學位授予點。

 

新疆醫科大學中醫學院發展歷程：

1988年開始舉辦中醫各專業、各層次的成人教育（1998年合并進入新疆醫科大學成人教育學院）。1994年與上海中醫藥大學聯合招收中醫內科、中西醫結合內科、針灸和醫古文等專業的碩士研究生。1998年進入醫科大學后的中醫學院在各方面有了進一步的發展。與此同時，從2004年開始由新疆醫科大學博士生導師周銘心教授獨立或與上海中醫藥大學聯合招收博士生共七名，進入了中醫學院在碩士、博士培養教育方面新的歷史階段。現有中醫學專業（五年制）、中西醫臨床醫學專業（五年制）、中西醫結合本碩連讀專業方向（七年制）、中藥學專業（四年制）及中維藥資源開發與利用專業方向（四年制）以及針灸推拿學專業及針灸推拿外向型專業方向（五年制）等七個專業及專業方向。

中醫專業是該院辦學最早，歷史、人文積淀最為深厚，影響最為深遠，對新疆中醫藥事業貢獻卓著的專業學科。本專業教育始建于1961年新疆中醫學校建立之始，后經發展，至1978年開始招收本科生。就教育層次來講，有了一個質的飛躍。其師資力量包括了歷年來疆工作的專家學者，如汪大春、褚鴻義、張絢邦、劉歡祖、金洪元、沈寶藩、孫殿甲、陳堅等。1985年新疆中醫學院掛牌成立至1998年兩院合并前，本專業已發展為中醫專業及中西醫結合專業方向，三個辦學層次即本科、專科及碩士研究生（與上海中醫藥大學聯合招生），培養出了疆內及部分省市中醫醫療、藥學及管理部門的骨干，為新疆中醫藥事業的發展作出了貢獻。該院中醫專業借助大學辦學平臺，更有突飛猛進的發展。五年制中醫專業與中西醫結合專業方向生源充足、發展穩定；七年制中西醫結合專業方向成為大學招生的熱門專業，尤其是研究生教育，發展迅猛，該專業在讀研究生已達133人，中醫專業建設奠定了良好的基礎。隨著社會的發展進步，醫藥學教育與醫藥行業的競爭日趨激烈，對中醫藥和中醫藥教育提出了新的、更高的要求。面對諸多機遇和挑戰，為了從發展戰略高度，明確專業建設指導思想、發展原則和戰略意圖，制定切實可行的發展目標和計劃，明確工作重點和具體任務，創造本專業發展的良好環境，抓住現有優勢和有利條件，積極迎接挑戰，解決前進中遇到的各方面的問題，把該院中藥專業建設成為“繼承不離古，創新不離宗”的具有現代化的高等中醫院校的優勢專業。

在新疆中醫學院誕生之時，就設置了中藥學專業。原新疆中醫學院中藥學專業是新疆辦學最早，發展迅速，影響力大的學科之一。對新疆中醫藥事業作出了貢獻。本專業教育始于1961年新疆中醫學校建立之始，后經發展，至1980年開展本科時就有中藥界知名專家褚鴻義、程竹安、孫殿甲、陳堅、張彥福、李永和都曾執教，培養出的學生遍及疆內及內地部分省市。中藥學專業憑借大學辦學平臺，學科建設更是突飛猛進。又根據新疆地域特點新增加維藥專業方向，尤其是研究生教育，發展迅速，本專業已具2個碩士學位點，為中藥專業建設奠定了良好的基礎。

1986年掛牌新疆中醫學院時，即開始有針灸專業的本科招生。近三十年來，針灸專業為新疆的針灸事業發展做出了貢獻，為自治區培養了大批針灸人才。活躍在新疆各大醫院從事針灸工作的專家及業務骨干絕大多數均為該院針灸專業的畢業生。針灸推拿專業已是該院重點發展專業有本科、碩士層次的教育。2004根據社會發展及周邊國家醫療市場的需要，開設了針灸推拿外向型專業方向。