學校研究生教育始于 1979 年，經過三十多年的發展已形成碩士、博士、博士后多種層次多種類型的中醫藥人才培養體系。 1984 年起招收博士研究生，同年開展授予具有研究生畢業同等學力在職人員申請碩士學位工作， 1995 年開始招收外國來華留學研究生， 1987 年開展培養醫學博士（臨床醫學）研究生試點工作， 1996 年設立中醫學博士后流動站，招收了全國第一位中醫學博士后，現設有中醫學、中藥學、中西醫結合、藥學 4 個博士后科研流動站； 1998 年被確定為臨床醫學專業學位教育試點單位，具有臨床醫學博士、碩士專業學位授予權。 2000 年經教育部批準開辦了本碩連讀七年制中醫學專業， 2008 年獲得推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀碩士學位研究生資格，形成了博士、碩士、本碩連讀、在職申請學位以及博士后多種層次多種類型的中醫藥人才培養體系。我校中醫學、中藥學、中西醫結合和藥學 4 個一級學科均具有博士學位授予權，居于全國同類院校的前列，這 4 個學科覆蓋的 22 個二級學科均具有博士學位授予權；中醫學、中藥學、中西醫結合、藥學和護理學 5 個一級學科具有碩士學位授予權，具有碩士學位授予權的二級學科共有 28 個。形成了基礎與臨床、中醫與西醫、醫學與藥學有機結合的研究生教育體系，為高層次中醫藥人才培養和學校的各項事業的發展奠定了堅實的基礎。學校現有博士生指導教師 114 人，碩士生指導教師 375 人。迄今為止，已累計招收研究生 6652 人，現在校博士和碩士統招研究生為 1815 人，其中博士生 266 人，另有留學及港澳臺研究生 103 人，以同等學力申請碩士學位人員 271 人；在校各類研究生總規模已達 2455 人；有在站博士后研究人員 124 人，現已畢業并獲得學位的研究生有 5828 人，其中博士學位 854 人，授予同等學力在職人員碩士學位 1012 人，出站博士后 104 人。畢業生遍布全國各地和十幾個國家和地區，許多人已成為所在單位學術、業務骨干、國家級、部省級重點學科帶頭人、博士、碩士研究生指導教師、國家或省級重點科研項目的主持人，或已走上重要領導崗位。多人獲得全國優秀教師、全國先進工作者、國家級百千萬人才工程一、二層次人才、全國百名杰出青年中醫、國家有突出貢獻的中青年專家、全國中青年科技之星等光榮稱號，為中醫藥事業發展做出了重要貢獻。
　　學校一直堅持 “ 以質量求生存，以特色求發展 ” 的方針，逐步完善了研究生管理體制和運行機制。重視人才的選拔，堅持在考核知識的同時考核能力；注重導師隊伍建設；完善管理制度，不斷探索與完善臨床醫學研究生的培養模式。建立了校企合作培養研究生的新機制，與哈藥集團中藥二廠和哈爾濱 242 醫院建立了研究生培養創新示范基地，著重培養研究生創新科研能力。初步建立了學位授予質量保障體系，在國務院學位委員會中醫學、中藥學學科評議組織的博士培養質量調研評估中，獲得高度評價。在 2008 、 2012 年度全國百篇優秀博士學位論文評選中，我校中藥學專業匡海學校長指導的博士研究生楊炳友、夏永剛學位論文分別獲得全國百篇優秀博士學位論文， 2009 年王喜軍副校長指導的博士生張寧學位論文獲得全國百篇優博論文優秀提名論文，這標志著我校的研究生培養質量已達到全國同類院校的領先水平。研究生教育的發展也大大促進了學校的學科建設，一流的大學要有一流的研究生教育，已成為全校上下的共識。
　　學校將在 “ 深化改革，積極發展；分類指導，按需建設；注重創新，提高質量 ” 的學位與研究生教育工作的基本方針指導下，以學科建設、導師隊伍建設和條件建設為重點，以提高培養質量為目標；積極穩步擴大教育規模，更新教育觀念，深化教育教學改革，突出創新能力的培養；加強培養基地和導師隊伍建設，加強專業學位教育工作，改革研究生的培養制度和培養模式，進一步建立有利高層次人才成長的管理體制和機制，提高培養質量，增強中醫藥高層次人才在國內外的競爭能力，把學校真正建成高層次中醫藥人才的培養基地和實現中醫藥現代化的知識、技術創新基地。